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云代码 - perl代码库

Bio::DB::GenBank, Bio::SeqIO

2012-10-17 作者: 神马举报

[perl]代码库

bioperl ( http://bioperl.org/)模块使用--生物信息学中用的模块
          功能:根据核酸的gi号自动从GenBank中提取FASTA格式的序列,可以多序列提取。



          QUOTE:#!/usr/bin/perl -w

          use Bio::DB::GenBank;
          use Bio::SeqIO;
          my $gb = new Bio::DB::GenBank;

          my $seqout = new Bio::SeqIO ( -fh => *STDOUT, -format => 'fasta' );

# if you want to get a bunch of sequences use the batch method
          my $seqio = $gb->get_Stream_by_id ( [ qw ( 27501445 2981014 ) ] );

          while ( defined ( $seq = $seqio->next_seq ) )
{
$seqout->write_seq ( $seq );
}


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